Arquivo PDB (o que é e como abrir um)

Este artigo explica o que é um arquivo PDB, como abri-lo e como convertê-lo em um formato diferente.

O que é um arquivo PDB?

Um arquivo com a extensão de arquivo PDB é provavelmente um arquivo de banco de dados de programa usado para armazenar informações de depuração sobre um programa ou módulo, como um arquivo DLL ou EXE . Às vezes, eles são chamados de arquivos de símbolos.

O arquivo mapeia vários componentes e instruções no código-fonte para seu produto compilado final, que o depurador pode usar para localizar o arquivo de origem e o local no executável no qual ele deve interromper o processo de depuração.

Alguns arquivos PDB podem estar no formato de arquivo Protein Data Bank. Estes são arquivos de texto simples que armazenam coordenadas sobre estruturas de proteínas.

Outros arquivos PDB podem ser criados no formato de arquivo Palm Database ou PalmDOC e usados ​​com o sistema operacional móvel PalmOS ; alguns arquivos nesse formato usam a extensão de arquivo .PRC. Ainda outro formato que usa essa mesma extensão é o Tanida Demo Builder.

Como abrir um arquivo PDB

Diferentes programas usam seu próprio arquivo PDB para armazenar dados em algum tipo de formato de banco de dados estruturado, de modo que cada aplicativo é usado para abrir seu próprio tipo.

Geneious , Quicken , Visual Studio e Pegasus são apenas alguns exemplos de programas que podem usar o arquivo como um arquivo de banco de dados. Radare e PDBparse também podem funcionar.

Alguns arquivos PDB são armazenados como texto simples, como os arquivos do Geneious’ Program Debug Database, e são completamente legíveis se abertos em um editor de texto . Você pode abrir esse tipo de arquivo PDB com qualquer programa que possa ler documentos de texto, como o programa Bloco de Notas integrado no Windows. Alguns outros visualizadores e editores compatíveis incluem Notepad++ e Brackets .

Outros arquivos PDB não são documentos de texto e só são úteis quando abertos com o programa a que se destinam. Por exemplo, se o seu estiver relacionado de alguma forma ao Quicken, tente usar esse software para visualizá-lo ou editá-lo. O Visual Studio espera ver um arquivo PDB na mesma pasta que o arquivo DLL ou EXE.

Você pode visualizar e editar arquivos do Protein Data Bank no Windows, Linux e macOS com o Avogadro . Esses programas também podem abrir o arquivo: Jmol , RasMol , QuickPDB e USCF Chimera . Como são textos simples, você também pode abrir um em um editor de texto.

O Palm Desktop deve ser capaz de abrir esse arquivo se estiver no formato de arquivo Palm Database, mas talvez seja necessário renomeá-lo primeiro para ter a extensão de arquivo PRC para que esse programa o reconheça. Calibre é outra opção.

Para abrir um arquivo PalmDOC PDB, tente STDU Viewer .

Tanida Demo Builder abre arquivos nesse formato.

Como converter um arquivo PDB

Os arquivos de banco de dados do programa provavelmente não podem ser convertidos para um formato de arquivo diferente, pelo menos não com uma ferramenta regular de conversão de arquivos . Em vez disso, se houver algum aplicativo que possa converter esse tipo de arquivo, será o mesmo programa que poderá abri-lo.

Por exemplo, se você precisar converter seu arquivo de banco de dados do Quicken, tente usar esse programa para fazer isso. Esse tipo de conversão, no entanto, provavelmente não é apenas de pouca utilidade, mas também não é suportado nesses aplicativos de banco de dados (ou seja, você provavelmente não precisa converter esse tipo de arquivo PDB para nenhum outro formato).

Os arquivos do Protein Data Bank podem ser convertidos para outros formatos com o MeshLab . Para fazer isso, talvez seja necessário primeiro convertê-lo para WRL com PyMOL no menu Arquivo > Salvar imagem como > VRML e, em seguida, importar o arquivo WRL para o MeshLab e usar o menu Arquivo > Exportar malha como para finalmente converter o arquivo PDB para STL ou outro formato de arquivo.

Caso não precise que o modelo seja colorido, você pode exportar o arquivo diretamente para STL com USCF Chimera (o link para download está acima). Caso contrário, você pode usar o mesmo método acima (com MeshLab) para converter PDB para WRL com USCF Chimera e depois exportar WRL para STL com MeshLab.

Converter PDB para PDF ou EPUB , se você tiver um arquivo PalmDOC, é possível de várias maneiras, mas a mais fácil provavelmente é usar um conversor online como o Zamzar . Você pode enviar seu arquivo para esse site para ter a opção de convertê-lo para esses formatos, bem como para AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT e outros formatos de arquivo de eBook.

Para converter um para o formato FASTA pode ser feito com o conversor online de PDB para FASTA da Meiler Lab .

Também é possível salvar este arquivo em CIF (formato de informação cristalográfica) online usando PDBx/mmCIF .

Ainda não consegue abri-lo?

Arquivos que não estão abrindo com nenhuma das ferramentas acima, provavelmente não são arquivos PDB. O que pode estar acontecendo é que você está interpretando mal a extensão do arquivo; alguns formatos usam um sufixo que se parece muito com o PDB, quando na verdade não estão relacionados e não funcionam da mesma forma.

Por exemplo, um arquivo PDF é um arquivo de documento, mas a maioria dos programas acima não renderizará o texto e/ou imagens corretamente se você tentar abrir um com esses programas de software. O mesmo vale para outros arquivos com extensões de arquivo com grafia semelhante, como arquivos DBF , DB , ADP , PD, PDE, PDC, PDO e WPD .

O PBD é outro que pertence ao programa EaseUS Todo Backup e, portanto, só é útil quando aberto com esse software.

Se você não tiver um arquivo PDB, pesquise a extensão do arquivo que seu arquivo possui para encontrar o programa apropriado que o abre ou converte.

Leitura avançada em arquivos PDB

Você pode ler muito mais sobre arquivos de banco de dados de programas no GitHub e no Wintellect .

Também há mais para aprender sobre os arquivos do Protein Data Bank; veja Worldwide Protein Data Bank e RCSB PDB .

perguntas frequentes

• Como faço para corrigi-lo quando o Visual Studio não consegue localizar ou abrir arquivos PDB? Se você vir uma mensagem informando que o Visual Studio não pode localizar ou abrir o arquivo PDB, tente usar a ferramenta de depuração do Visual Studio. Vá para Ferramentas > Opções > Depuração > Símbolos e selecione Microsoft Symbol Servers .
• Como faço para abrir um arquivo PDB no Android? Para abrir um arquivo PDB no Android, use um leitor de arquivos de terceiros. Baixe o aplicativo Cool Reader ou qualquer outro leitor compatível com arquivos PDB no Google Play.